Organi dell’Ecomuseo sono l’Assemblea dei Soci, il Comitato Esecutivo composto da nove membri (un Presidente, un Vicepresidente e sette Consiglieri), il Comitato Tecnico Scientifico (tre membri individuati tra personalità di spicco nel mondo della cultura, delle arti e delle scienze che forniscono supporto tecnico nell’elaborazione dei progetti e delle attività dell' Associazione) e il Collegio Sindacale(tre membri che controllano la gestione amministrativa dell’Associazione).
L’Ecomuseo si avvale in maniera continuativa di un Direttore con funzioni di coordinamento, di un addett* alla Segreteria, di un addett* alla grafica e comunicazione e di esperti o collaboratori che vengono attivati in funzione delle necessità progettuali ed organizzative.
Lis Aganis si basa su un sistema di condivisione delle scelte e di partecipazione alla definizione delle progettualità a “grappolo” in quanto tutti i livelli vengono coinvolti in momenti e fasi diverse a seconda del proprio ruolo:
Assemblea dei soci: approvazioni politiche generali e bilanci;
Consiglio Direttivo: approvazione progetti e impegni di spesa;
Comitato Tecnico Scientifico: definizione delle linee di intervento e progettualità di macro-sistema in accordo con il Coordinatore;
Focus Group (partecipati dai soci): individuazione delle singole iniziative, programmazione di rete, individuazione delle risorse locali attivabili, ecc.;
Team di progettazione: esperti ed insegnanti che sviluppano le specifiche progettualità, svolgendo azione di tutoraggio nel confronti di alcune cellule “pilota”;
Gruppi di lavoro (anche non soci): proposte, suggerimenti a livello pratico – operativo, apporti in termini di conferimenti di oggetti, condivisione del patrimonio orale, materiali documentali, ecc.